Il museo attualmente ospita le ottocentesche tavole anatomiche “L’Anatomia Universa” di Paolo Mascagni, l’Atlante anatomico da annoverare in assoluto tra le più monumentali opere mai pubblicate. Le tavole Anatomiche (1800) sono straordinarie per precisione e ricchezza di particolari, e rappresentano un uomo in grandezza naturale.
Queste tavole furono recuperate dal Prof. Passaponti intorno agli anni ‘60 all’interno del sotterraneo dell’antico anfiteatro anatomico (sito al palazzo Ingrassia di via Biblioteca) occultate dai suoi predecessori per evitare che venissero trafugate, come opere d’arte di valore, durante il secondo conflitto mondiale.
Vi troviamo anche tavole anatomiche in bianco e nero e a colori di altri autori, diverse collezioni di volumi anatomici dal 1700 ad oggi, il Prodromo della Grande Anatomia seconda opera postuma di Paolo Mascagni, pubblicata da Francesco Antommarchi (1800), più di 700 crani di varie epoche, 4 scheletri di varie epoche e grandezze, scheletrini in connessione anatomica, lo scheletro di un uomo vissuto 2300 anni fa proveniente dalla necropoli di Naxos, circa 1000 ossa umane disarticolate, preparati anatomici sia a secco che inclusi in resina di vari organi ed apparati, preparati anatomici mummificati, preparati in fissativo, strumentario anatomico, una collezione di microscopi ottici antichi, bilance, modelli anatomici in cera e in ceramica. Inoltre il museo ospita le collezioni museali delle sezioni facenti parte del Dipartimento BIOMETEC (Biologia, Farmacologia, Fisiologia, Patologia, Microbiologia, Genetica Medica e Biochimica).